1．传染病虫害，鸡粪中含有大肠杆菌、线虫等病菌和害虫，直接使用会导致病虫害的传播。
　　2．发酵烧苗。发酵不充分的鸡粪施到地里后，当发酵条件具备时，鸡粪便开始发酵，若发酵部位距根部较近，且作物植株较小，发酵产生的热量会影响作物生长，严重时导致植株死亡。
　　3．酸化基地土壤，鸡粪是强酸性肥料，这种危害短时间内看不出来，只有连续种植几年以上才会发生，所以这种危害极具隐蔽性。
　　4．重金属超标鸡粪中含有很高量的铜、汞、铬、镉、铅、砷等重金属，还有较多的激素残留，造成农产品重金属超标，给可持续发展埋下隐患。
　　5．利用不便、效率低。未经处理的粪便，翻堆时气味难闻。