有机肥料中含有大量微生物，施入土壤后和土壤中其他有益微生物结合，增加了有益微生物菌群的数量，为微生物活动创造良好的生活条件。有资料显示，在深耕并分层混合施用有机肥料的土壤中，好气微生物大量繁殖，嫌气微生物则大量减少。经过微生物的活动，好气微生物的增加，从而加快了有机肥料养分的转化，对稳定土壤结构，改善土壤耕性及作物吸收利用有着很好的作用。
      有机肥料除了有良好营养作用外，它还有很高的酶的活性。尤其是在畜、禽粪中，因为动物消化道可分泌各种酶，其消化道内大量繁殖的各种微生物，也能分泌各种酶，所以畜、禽粪中酶的活性特别强，是土壤酶活性的几十倍至几百倍。这些酶的活性与土壤的通透性和土壤肥力状况密切相关。施用有机肥料可提高土壤中酶的活性、土壤有效养分和发挥土壤肥力的作用。